서회의 창립 목적은 "조선어로 기독교 서적과 전도지와 정기간행물의 잡지류를 발행하여 전국에 보급하기 위하여"라고 기록되어 있다. 창립 이후 20여 년 동안 기독교서회의 기독교 문서운동은 복음 전파로 개종자들을 얻음과 동시에 신문명을 소개하여 계몽을 돕는 데 있었다. 그리하여 외국 서적들 가운데 기독교를 알리는 간단한 내용의 책들과 신앙생활의 방법, 신조들을 가르치는 책자들을 많이 출판하였고 대량의 전도지를 인쇄하여 널리 반포하였다. 서회는 밀러의 [산수책]을 비롯하여 일반교양, 위생, 계몽, 어린이, 어학, 지리, 상식. 소설, 사상서적 등 다방면의 책들을 발행하여 한국 민족의 근대화를 도왔다.;

종로2가에 자리잡은 기독교서회는 선교사들의 헌신적인 노력과 외국의 원조, 한국인들의 이례적인 기독교 수용열 그리고 매서인을 비롯한 다양한 방법의 전도와 선교의 파격적인 성공이 어우러져 국내에서 기독교계 안팎을 막론하고 가장 큰 근대적 출판사로 성장하였다. 3.1운동 직후 우리 사회에는 민족 자결의식과 기독교에 관한 호기심, 그리고 교육열이 전례없이 고조되었다. 국민들의 지식수준은 높아졌고 이로 인해 독서인구도 늘어갔다. 좋은 서적을 많이 출판해 줄 것을 바라는 요청과 기대가 날로 커져가는 가운데 서회는 기독교의 부흥운동에 발맞추어 전도지를 비롯한 신학서적과 수준 높은 일반 교양서적 발간에 박차를 가했다.

이 시기는 일본의 침략정책이 노골화됨에 따라 한국 민족과 한국 교회가 일본의 강제와 억압 아래서 신음하였다. 일본은 한국에 대한 유화정책을 종영하면서 교회와 교회 관련 학교, 기관에 대한 감시와 압력을 가중시켰다. 한편 교회에서는 자발적인 개인 전도열이 식어 갔고 한국인들은 점점 빈곤해졌으며 따라서 교회도 가난해지고 학교 교육을 받는 일도 힘들어졌다. 기독교서회 역시 모든 기능이 정지되는 위기를 맞게 되었다. 그러나 이런 와중에도 기독교서회는 신학, 영성의 함양, 사회과학에 관한 다양한 도서들을 출판하였으며 전도지나 그림, 카드, 지도 등을 제작 판매하였다.

일제의 한글 탄압은 곧 기독교 탄압으로 연결되었기에 서회의 성경보급운동, 쪽복음운동, 한글신문, 주일학교 교재, 찬송가 보급 등은 민족운동이자 정치운동으로 받아들여졌다. 조선기독교서회로 이름을 바꾼 서회는 창립 50주년을 맞아 선교사 주관 시대를 마감하고 한국인에 의한 연합기관으로 새출발을 하였으나 일본 관헌의 감시와 관리 아래서 서회 건물의 모든 기물이 수탈당하였고 출판은 일절 중단되었고 그나마 태평양전쟁 선포와 더불의 서회는 적산(敵産) 취급을 받아서 건물이 크게 훼손되었다. 하지만 찬송가 통일을 위한 연구위원회를 구성하는 등 선교운동과 정치운동을 결코 포기하지 않았다.

해방의 기쁨을 안고 재건작업을 시작하기도 전에 서회는 한국전쟁으로 인해 큰 손실과 타격을 입었다. 특히 1950년 화재로 서회 건물 내 수십만 권의 책이 모두 소실되었다. 일제 말기와 한국전쟁을 거치면서 설립 이후 최대 위기를 맞았지만 새 시대를 여시려는 하나님의 섭리를 살피면서 소망을 가지고 인고의 세월을 견뎌냈다. 한편 해방 전 평신도의 신앙 교양과 영성 함양에 관련된 책들을 위주로 출판하던 서회는 1960년대 이후 한국 신학의 미래를 위해 보다 깊이 있는 신학서적 출판에 무게를 두게 되었고, 이 분야에서 국내의 출판을 대표하게 되었다.

1970년대 초 출판을 위한 해외 선교부와 외국 교회의 보조가 눈에 띄게 줄어 자립을 이루기 위한 다양한 방안들이 모색되었다. 우여곡절 끝에 종로2가에 건물을 지어 입주하였고, 1975년에는 마침내 자립 예산을 책정하기에 이르렀다. 1980년 이후 대내외적인 상황들로 인해 여러 어려움에 직면하였지만 합동찬송가를 보급하고 저작상과 문학상을 제정하고 신학대학협회를 후원하는 등 문서선교기관으로서 역할을 충실히 이행했으며, 다양하고 수준 높은 성경·찬송, 신학서적, 평신도와 목회자를 위한 신앙도서를 기획하고 출판하는 데 전념하였다.

1890년 개신교 최초의 문서선교 기관으로 설립된 이후 서회는 일제 강점기와 해방, 한국전쟁과 냉전시기를 거치면서 기독교의 문서선교기관으로서 뿐만 아니라, 한국 사회를 선도하는 문화적 산실로서 교회와 사회 전반에 큰 영향을 끼쳤다. 120여 년이 흐른 현재에도 서회는 신학서적과 평신도 서적 출간, 정기간행물 기독교사상과 다락방 발행, 한국 교회의 통일된 찬송가 보급이라는 본연의 책무에 충실하는 한편, 21세기 변화된 시대 상황에 앞서가고자 전자책 등 디지털 컨텐츠의 제작과 보급에 박차를 가하고 있다.